2. Secretaría General de Gobierno
4. Secretaría de la Contraloría General
6. Secretaría para el Desarrollo y Empoderamiento de las Mujeres
7. Secretaría de Obra Pública y Comunicaciones
8. Secretaría de Medio Ambiente e Historia Natural
10. Secretaría de Desarrollo Social
13. Secretaría de Pesca y Acuacultura
14. Secretaría para el Desarrollo Sustentable de los Pueblos Indígenas
17. Secretaría de Seguridad y Protección Ciudadana
19. Secretaría para el Desarrollo de la Frontera Sur y Enlace para la Cooperación Internacional
20. Secretaría de la Juventud, Recreación y Deporte
21. Instituto de la Consejería Jurídica y de Asistencia Legal
23. Parque Agroindustrial para el Desarrollo Regional del Sureste "Chiapas"
24. Junta Local de Conciliación y Arbitraje del Estado de Chiapas
25. Coordinación Estatal para el Mejoramiento del Zoológico "Miguel Alvarez del Toro"
26. Comisión Estatal de Mejora Regulatoria
27. Coordinación Ejecutiva del Fondo de Fomento Económico Chiapas Solidario (FOFOE)
28. Coordinación de Fomento Agroalimentario Sustentable
29. Instituto de Protección Social y Beneficencia Pública del Estado de Chiapas
30. Instituto de Estudios de Posgrado
31. Instituto Estatal de Evaluación e Innovación Educativa
32. Instituto de Formación Policial
33. Centro Estatal de Prevención Social de la Violencia y Participación Ciudadana
34. Centro Estatal de Control de Confianza Certificado del Estado de Chiapas
37. Talleres Gráficos de Chiapas
38. Instituto de Capacitación y Vinculación Tecnológica del Estado de Chiapas
39. Instituto Estatal del Agua
40. Instituto Casa de las Artesanías de Chiapas
41. Sistema para el Desarrollo Integral de la Familia del Estado de Chiapas (Sistema DIF Chiapas)
42. Coordinación Ejecutiva del Fondo de Fomento Agropecuario del Estado de Chiapas (FOFAE)
44. Colegio de Bachilleres de Chiapas
45. Consejo de Ciencia y Tecnología del Estado de Chiapas
47. Universidad Tecnológica de la Selva
48. Colegio de Estudios Científicos y Tecnológicos del Estado de Chiapas
49. Instituto Chiapaneco de Educación para Jóvenes y Adultos
50. Instituto Tecnológico Superior de Cintalapa
51. Universidad Politécnica de Chiapas
52. Universidad Politécnica de Tapachula
53. Universidad Intercultural de Chiapas
54. Instituto de la Infraestructura Física Educativa del Estado de Chiapas
55. Instituto para la Gestión Integral de Riesgos de Desastres del Estado de Chiapas
56. Promotora de Vivienda Chiapas
57. Sistema Chiapaneco de Radio, Televisión y Cinematografía
59. Instituto de Seguridad Social de los Trabajadores del Estado de Chiapas
60. Consejo Estatal para las Culturas y las Artes de Chiapas
61. Comisión Estatal de Conciliación y Arbitraje Médico del Estado de Chiapas
62. Secretariado Ejecutivo del Sistema Estatal de Seguridad Pública
63. Centro Regional de Formación Docente e Investigación Educativa
64. Instituto de Desarrollo de Energías del Estado de Chiapas
73. Fondo de Seguridad Pública del Estado de Chiapas "FOSEG"
75. Fideicomiso de Estrategias Financieras Multisectoriales "FIDEFIM"
76. Fideicomiso de la Zona Metropolitana del Estado de Chiapas
78. Fondo Estatal Ambiental "FESA"
79. Fondo de Participación Social Chiapas "FOPASCH"
80. Fideicomiso para el Desarrollo Social Integrado y Sostenible Chiapas, México "FIDESIS"
81. Fondo Estatal de Desarrollo Comercial Agropecuario y Agroindustrial "FEDCAA"
82. Fideicomiso de Apoyo a las Necesidades de los Cafeticultores del Estado de Chiapas "FANCAFE"
89. Fideicomiso Público para la Modernización del Transporte Público del Estado "FIMOTRA"
90. Fideicomiso "Una Mano… Una Esperanza"
91. Fondo para la Educación y Salud de la Infancia Chiapaneca "FOESICH"
92. Fondo para la Educación de la Infancia y Adolescencia de Chiapas "FEIACH"
93. Fideicomiso de Apoyo para la Atención de Personas Mayores de 64 años "FAAPEM64"
96. Fondo de Fomento Económico Chiapas Solidario "FOFOE"
97. Fondo de Fomento Agropecuario del Estado de Chiapas "FOFAE"